『メタ・グラードン』
劇場版『七夜の願い星ジラーチ』からまさかの逆輸入。液状の触手で周りの生物を食いつくす存在として生まれたグラードンのコピーで本物よりはるかに大きい。『ジラーチ』ではジラーチの力を使うもその復元に失敗したグラードンだが、こちらでは、ヒガナをそそのかした側近の男(オリキャラで黒幕。以前隕石の軌道を変えて
ここに呼び寄せたのも、ヒガナに過激なやり方をさせていたのも彼。イメージとしてはゲーチスとワルダックを足して二で割った感じ)が誕生させた『ポケモンを模した巨大な生物兵器』としての登場。
騙されていたことに気づいたヒガナと共闘になるが、ヒガナは手持ちを圧倒された挙げ句自身も飲み込まれてしまう。
その後ミツルは自身のライドポケモンであるチルタリスをリーリエに貸し、わざと触手に捕らわれ、体内に飛び込み心臓を攻める事にする。
『ジラーチ』では復元装置の逆稼働からの『はめつのねがい』で倒されたが、今回はそれらがないため体内から心臓を潰すしかない。戦いの流れは、メタ・グラードン戦→体内ダンジョン→心臓戦となる。

メタ・グラードン戦
メタ・グラードンは基本的な強さはゲンシグラードンと同じだが、開幕時に全能力+2される。リーリエは戦闘時にミツルから借りたチルタリスに乗っている。
特性：ビーストブースト
技
ほのおのムチ
ちからをすいとる
だんがいのつるぎ
ギガドレイン

備考：だんがいのつるぎ以外は本来のグラードンは取得不可能。本来のゲンシグラードンと違う特性なので水技が有効。ある意味救済措置。

撃破後は、チルタリスに乗って触手を回避するも、チルタリスがメタ・グラードンの攻撃に被弾し、リーリエは被弾の際にチルタリスから落下。チルタリスは触手で飲み込まれてしまい、リーリエが落ちた先にはメタ・グラードンが大口を開けていたため、リーリエも飲み込まれてしまうが、相棒アローラロコン、もしくは相棒ピッピが吸収を撥ね付けてくれた。その後メタ・グラードンの体内を散策することとなる。

メタ・グラードンの体内
ポケモンシリーズでまさかの体内のダンジョン。ほとんど一本道な上、アイテムも落ちていない。様相はウルトラディープシーを全体的に赤黒くした感じ。背景には飲み込まれたポケモンが『ジラーチ』の時のように泡のようなものに包まれている。出現するポケモンは赤黒い敵専用ポケモンで◯さいぼうという名前。タイプなどは元ポケモンと同じだが、性別はなく捕獲も不可能。また、元ポケモンに関係なく、ようかいえき、ギガドレインorちからをすいとるを使ってくる。メタ・グラードンの心臓を倒すとモード切替でストーリーを遡らない限りは再訪できない。

出現ポケモン
ベさいぼう(ベトベトン型)
ドさいぼう(ドククラゲ型)
ダさいぼう(ダストダス型)
ナさいぼう(ナットレイ型)
マさいぼう(マシェード型)
これらの細胞は2Dモードでは単なる色違いだが、3Dモードでは赤黒一色である。

メタ・グラードンの心臓
メタ・グラードンの心臓部。心臓にも触手がある。天井から降り注ぐようかいえきなどで攻撃する。やどりぎのタネは細胞片が変化したものらしい。
戦闘前にエルレイドの力で吸収を撥ね付けたミツルが心臓との戦いに敗れた所を目の当たりにする。その後ミツルは、リーリエの手持ちを全回復させ、自分に代わって心臓を倒すよう頼む。

種族値
HP100
攻撃150
防御180
特攻90
特防160
素早さ90
合計770

開幕時に全能力+2。更に毎ターンHPが16分の1回復。
タイプ：どく、じめん
特性：ビーストブースト
技
ぶんまわす
ようかいえき(エフェクトは天井から溶解液が降り注ぐ専用のもの。)
ギガドレイン
やどりぎのタネ

ようかいえきでとくぼうを下げた後にギガドレインのコンボはかなり厄介。アシッドボムでないのはせめてもの救い。防御力が高い上ビーストブーストもあるので攻撃力の高いポケモンはやや不利。じめん技がないにもかかわらず、じめんタイプがあるのはある意味弱点を増やすための救済措置。

倒すとメタ・グラードンは溶け落ち、その際に体内に捕らわれた者達も解放される。

その後黒幕の男は目的を潰された怒りでバトルをしかけるも敗北し、逮捕される。