「変数設定の用語について」でも紹介してるんだけど……
変数を作る時に設定する基本の値のこと。
例えばゲームをはじめから開始したとして、全員が共通して持たされる一番最初のステータス。
あるいは、スタート地点と言えばわかりやすいかな？

これらの初期値は、フラグをつくるキミが自由に設定することが出来る。
フラグオンの状態から会話を始めさせたいのならオンの状態を初期値にしてもいい。
好感度高い状態からスタートして、段々と減算していく様がみたいのなら初期値を高く設定してもいい。
勿論、皆によく使われている、初期値はフラグオフの状態でモードによってオンにされる方法もいいし
会話によって初期値0からコツコツ好感度が上がっていく方法だっていい。
キミがやりやすい方法やベイビーの方針・イメージに合わせて、初期値は臨機応変に設定してね。