複数のベイビーを育成している場合、主な重点を置いている・置くつもりのベイビーを指す感じか。
育成し始めた順序が先の方がメインベイビー、とする所もあれば、後から育成し始めた方をメインに決める所もあるよね。
メインとサブの字面で何となくわかる関係だと思うけど、そこは育成者さんの判断次第かな？
何がメインで何がサブかは大体気の持ちようだと思うけど。

ちなみに、同一アカウント内での別キャラモードのことをサブ、メインキャラの通常モードをメインベイビーとする場合もあるし、この話を「会話者にとってのメインかサブか」という話にして「君の一番でありたい」とキャラクターが宣言してくれる場所も少なくない。
何を指した言葉なのか、というのも、割とニュアンスだと思った方が柔軟に受け入れられるかもな。