※ネタバレ注意
※説明じゃなくて主観を語るだけ

・ロケット団
・マグマ団
・アクア団
・ギンガ団※ヒスイ(正確には悪の組織ではない)
・ギンガ団※シンオウ
・プラズマ団※BW
・プラズマ団※BW2
・フレア団
・スカル団
・エーテル財団
・レインボーロケット団
・エール団
・マクロコスモス
・スター団